infektion sker i två steg, ett initialt hemolymphatiskt stadium följt av ett meningoencefalitiskt stadium efter trypanosomerna invaderar centrala nervsystemet (CNS). Men många av de tecken och symtom är gemensamma för båda stegen, vilket gör det svårt att skilja mellan de två stegen av kliniska egenskaper ensam. Första etappen symptom kan föregås av utvecklingen av en trypanosomal chancre på platsen för ympning inom två dagar till två veckor efter att ha blivit biten av en infekterad fluga (förekommer oftast med T. b., rhodesiense, sällan med T. B. gambiense även chancres observeras med T. B. gambiense i resenärer från icke-endemiska länder). Det första steget innebär ospecifika, generaliserade symptom som inträffar 1-3 veckor efter tsetse flyga bita med T. b. rhodesiense; inkubationstiden för T. B. gambiense är mindre väl kännetecknas men sjukdomen fortskrider långsammare än den som orsakas av T. B. rhodesiense. Första steget symptom för båda typerna av sömnsjuka inkluderar huvudvärk, sjukdomskänsla, svaghet, trötthet, pruritis, och artralgi., Tecken på första etappen kan inkludera hepato-splenomegali, viktminskning och intermittenta feber som varar en dag till en vecka. Intervallen mellan feber kan vara dagar eller månader. Lymfadenopati, huvudsakligen bakre cervikal men i vissa fall axillär, inguinal eller epitrochlear, kan också förekomma. Bakre triangeln cervikal lymfadenopati, eller” Winterbottoms tecken ” ses vanligen i T. B. gambiense-infektioner.
T. B. gambiense-infektion fortskrider till andra etappen efter i genomsnitt 300-500 dagar, medan T. B. rhodesiense-infektion fortskrider till andra etappen efter uppskattningsvis 21-60 dagar., För båda typerna av sjukdom bestäms scenen genom att undersöka cerebrospinalvätska (CSF) och observera trypomastigoter. I andra stadiet sjukdom, orsakar invasion av det centrala nervsystemet en mängd olika neuropsykiatriska manifestationer visas förutom de första-stegs tecken och symtom, med feber förekommer mindre ofta över tiden. Sömn / vakna cykeln blir omvänd, därav det vanliga namnet ”Afrikansk sömnsjuka”, med dagtid somnolens, nattlig sömnlöshet och plötsliga uppmaningar att sova., Patienten upplever också mentala (hallucinationer, delirium, ångest, emotionell labilitet, uppmärksamhetsunderskott, apati, aggression, mani, förvirring), motor (motorisk svaghet, onormal ton, gångstörning, ataxi, tremor, talstörningar), sensorisk (parestesi, hyperestesi, anestesi, pruritis, synproblem) och neurologiska (onormala reflexer, anfall, koma) tecken och symtom. Jämfört med T. B. gambiense, T. b., rhodesiense är mer sannolikt att resultera i endokrina abnormiteter såsom binjurebarksvikt, sköldkörtelfunktion och hypogonadism; och hjärt engagemang, såsom myokardit, är allvarligare.