infectie treedt op in twee stadia, een eerste hemolymphatisch Stadium gevolgd door een meningoencephalitisch Stadium nadat de trypanosomen het centrale zenuwstelsel (CZS) binnendringen. Echter, veel van de tekenen en symptomen zijn gemeenschappelijk voor beide stadia, waardoor het moeilijk om onderscheid te maken tussen de twee stadia door klinische kenmerken alleen. Eerste-stadium symptomen kunnen worden voorafgegaan door de ontwikkeling van een trypanosomale kanarie op de plaats van inoculatie binnen twee dagen tot twee weken na gebeten door een geïnfecteerde vlieg (komt het meest voor bij T. b., rhodesiense, zelden met T. B. gambiense hoewel chancres worden waargenomen met T. B. gambiense bij reizigers uit niet-endemische landen). De eerste fase gaat over niet-specifieke, gegeneraliseerde symptomen die 1-3 weken na de tseetseevlieg beet met T. B. rhodesiense; de incubatietijd voor T. B. gambiense is minder goed gekarakteriseerd, maar de ziekte vordert langzamer dan die veroorzaakt door T. B. rhodesiense. Eerste-stadium symptomen voor beide soorten slaapziekte omvatten hoofdpijn, malaise, zwakte, vermoeidheid, pruritis, en artralgie., Tekenen in de eerste fase kunnen hepato-splenomegalie, gewichtsverlies en intermitterende koorts van één dag tot één week omvatten. De intervallen tussen de koortsen kunnen dagen of maanden duren. Lymfadenopathie, voornamelijk posterieure cervicale maar in sommige gevallen oksel, inguinale of epitrochlear, kan ook voorkomen. Posterieure driehoek cervicale lymfadenopathie, of “Winterbottom’ s teken ” wordt vaak gezien in T. b. gambiense infecties.
T. B. gambiense infectie vordert naar de tweede fase na een gemiddelde van 300-500 dagen, terwijl T. B. rhodesiense infectie vordert naar de tweede fase na een geschatte 21-60 dagen., Voor beide soorten ziekten wordt het stadium bepaald door het onderzoeken van cerebrospinale vloeistof (CSF) en het observeren van trypomastigoten. In de tweede fase van de ziekte, veroorzaakt invasie van het centrale zenuwstelsel een verscheidenheid van neuropsychiatrische manifestaties om naast de eerste fase tekenen en symptomen te verschijnen, met koorts die minder vaak na verloop van tijd voorkomt. De slaap / waak cyclus wordt omgekeerd, vandaar de gemeenschappelijke naam “Afrikaanse slaapziekte”, met overdag slaperigheid, nachtelijke slapeloosheid, en plotselinge drang om te slapen., De patiënt ervaart ook mentale (hallucinaties, delirium, angst, emotionele labiliteit, aandachtstekort, apathie, agressie, manie, verwardheid), motorische (motorische zwakte, abnormale tonus, loopstoornis, ataxie, tremor, spraakstoornissen), sensorische (paresthesie, hyperesthesie, anesthesie, pruritis, visuele problemen) en neurologische (abnormale reflexen, aanvallen, coma) tekenen en symptomen. Vergeleken met T. B.gambiense, T. b., rhodesiense leidt eerder tot endocriene afwijkingen zoals bijnierschorsinsufficiëntie, schildklierdisfunctie en hypogonadisme, en cardiale betrokkenheid, zoals myocarditis, is ernstiger.