Infeksjonen skjer i to etapper, en innledende haemolymphatic scenen etterfulgt av en meningoencephalitic scenen etter trypanosomes invadere det sentrale nervesystemet (CNS). Imidlertid, mange av de tegn og symptomer som er felles for begge trinn, noe som gjør det vanskelig å skille mellom de to fasene av kliniske funksjoner alene. Første etappe symptomer kan være innledes med utvikling av en trypanosomal sjanker i stedet for grader innen to dager til to uker for å bli bitt av en infisert fly (forekommer oftest med T. b., rhodesiense, sjelden med T. b. gambiense selv om chancres er observert med T. b. gambiense i reisende fra ikke-endemiske land). Den første fasen innebærer uspesifikke, generelle symptomer som oppstår 1-3 uker etter tsetse fly bite med T. b. rhodesiense; inkubasjonstiden for T. b. gambiense er mindre godt preget, men sykdommen utvikler seg saktere enn det som er forårsaket av T. b. rhodesiense. Første etappe symptomer for begge typer av sovesyke er hodepine, sykdomsfølelse, slapphet, trøtthet, pruritis, og artralgi., Første etappe tegn kan omfatte hepato-splenomegaly, vekttap og intermitterende feber som varer en dag til en uke. Intervallene mellom feber kan vare i dager eller måneder. Lymfadenopati, hovedsakelig posterior livmorhalskreft, men i noen tilfeller axillaris, inguinal eller epitrochlear, kan også forekomme. Posterior trekant cervikal lymfadenopati, eller «Winterbottom logg» er vanligvis sett i T. b. gambiense infeksjoner.
T. b. gambiense infeksjon utvikler seg til den andre fasen etter et gjennomsnitt på 300-500 dager, mens T. b. rhodesiense infeksjon utvikler seg til den andre fasen, etter en anslått 21-60 dager., For begge typer av sykdom, den fasen bestemmes ved å undersøke spinalvæske (CSF) og observere trypomastigotes. I andre stadium sykdommen, invasjon av sentrale nervesystemet fører til et utvalg av nevropsykiatriske manifestasjoner skal vises i tillegg til den første scenen tegn og symptomer med feber forekommer sjeldnere over tid. Søvn/våkne syklus blir reversert, derfor er det vanlige navnet «Afrikansk sovesyke», med søvnighet på dagtid, natt søvnløshet, og plutselig trang til å sove., Pasienten opplever også en mental (hallusinasjoner, delirium, angst, emosjonell labilitet, oppmerksomhet underskudd, apati, aggresjon, mani, forvirring), motor (motor svakhet, unormal tone, ganglag forstyrrelse, ataksi, tremor, tale forstyrrelser), sensoriske (parestesi, hyperaesthesia, anestesi, pruritis, visuelle problemer), og nevrologiske (unormale reflekser, kramper, koma) tegn og symptomer. I forhold til T. b. gambiense, T. b., rhodesiense er mer sannsynlig å resultere i endokrine avvik som adrenal insuffisiens, skjoldbruskkjertel dysfunksjon og hypogonadisme, og ved involvering, slik som myokarditt, er mer alvorlig.