infektion forekommer i to faser, et indledende hæmolymfatisk Stadium efterfulgt af et meningoencephalitisk stadium, efter at trypanosomerne invaderer centralnervesystemet (CNS). Imidlertid, mange af de tegn og symptomer er fælles for begge faser, hvilket gør det vanskeligt at skelne mellem de to faser af kliniske træk alene. Symptomer i første fase kan foregå af udviklingen af en trypanosomal chancre på inokulationsstedet inden for to dage til to uger efter at være blevet bidt af en inficeret flue (forekommer oftest med T. B., rhodesiense, sjældent med T. B. gambiense selvom chancres observeres med T. B. gambiense hos rejsende fra ikke-endemiske lande). Den første fase involverer uspecifikke, generaliserede symptomer, der forekommer 1-3 uger efter tsetse-fluebid med T. B. rhodesiense; inkubationsperioden for T. B. gambiense er mindre godt karakteriseret, men sygdommen skrider langsommere end den, der er forårsaget af T. B. rhodesiense. Første fase symptomer for begge typer sovesyge omfatter hovedpine, utilpashed, svaghed, træthed, pruritis og artralgi., Første fase tegn kan omfatte hepato-splenomegali, vægttab og intermitterende feber, der varer en dag til en uge. Intervallerne mellem feber kan vare dage eller måneder. Lymfadenopati, hovedsageligt posterior cervikal, men i nogle tilfælde aksillær, inguinal eller epitrochlear, kan også forekomme. Posterior trekant cervikal lymfadenopati, eller” signinterbottoms tegn ” ses ofte i T. B. gambiense infektioner.
T. B. gambiense infektion skrider frem til anden fase efter et gennemsnit på 300-500 dage, mens T. B. rhodesiense infektion skrider frem til anden fase efter en anslået 21-60 dage., For begge typer sygdomme bestemmes scenen ved at undersøge cerebrospinalvæske (CSF) og observere trypomastigoter. Ved sygdom i anden fase forårsager invasion af centralnervesystemet en række neuropsykiatriske manifestationer ud over tegn og symptomer på første fase, hvor feber forekommer sjældnere over tid. Søvn / vågne cyklus bliver vendt, dermed det almindelige navn” afrikansk sovesyge”, med dagtimerne somnolens, natlig søvnløshed og pludselige trang til at sove., Patienten oplever også psykisk (hallucinationer, delirium, angst, emotionel labilitet, opmærksomhed underskud, ligegyldighed, aggression, mani, forvirring), motor (motor svaghed, unormal tone, gangart forstyrrelse, ataksi, tremor, tale forstyrrelser), sensorisk (paræstesier, hyperaesthesia, anæstesi, pruritis, visuelle problemer), og neurologisk (abnorme reflekser, kramper, coma) tegn og symptomer. Sammenlignet med T. b. gambiense, T. B., rhodesiense er mere tilbøjelige til at resultere i endokrine abnormiteter såsom binyreinsufficiens, skjoldbruskkirtel dysfunktion og hypogonadisme; og hjerteinddragelse, såsom myocarditis, er mere alvorlig.