neuropsykiatriske symptomer kan opstå enten tidligt eller sent i infektionsfasen. Disse symptomer forekommer ofte som kognitive symptomerpræsenterer som irritabilitet, let tårefuldhed, angst og depression. Sjældent kan patienter med uopdaget Lyme-sygdom have obsessiv kompulsiv lidelse (OCD), paranoia, auditive/visuelle hallucinationer eller fuldblæst mani., Søvnforstyrrelser er også almindelige ved Lyme-sygdom, hvor patienter oftere rapporterer et behov for mange timers søvn eller føler sig trætte oftere. 50% af patienterne med neurologisk Lyme-sygdom i senere fase. Disse patienter kan ty til at bære ørepropper, lydbeskyttere og/eller solbriller indendørs. Normal sensorisk stimulering kan overstimulere og forårsage forvirring. Mens psykiatriske problemer kan opstå i løbet af Lyme-sygdommen, er det kritisk at huske, at de fleste psykiatriske lidelser ikke har noget at gøre med Lyme-sygdommen., Det er også vigtigt at bemærke, at når patienter med Lyme-sygdom oplever en psykiatrisk lidelse, bør behandling af den psykiatriske lidelse ikke forsinkes.de sene neurologiske symptomer består primært af en mild til svær encephalopati, en polyneuropati og dyb træthed. Encephalopati menes at forekomme hos 9 ud af 10 patienter og er ofte kendetegnet ved subtile forstyrrelser i humør, hukommelse og søvn., Ved at udelukke subakut encephalopati vil psykiatere have deres største diagnostiske udfordring, for disse patienter kan være irritable, tårefulde, deprimerede og have dårlig koncentration og søvn. Et diagnostisk tip til fordel for Lyme-sygdom som årsag til depression og irritabilitet kan være samtidig hukommelsestab, ordfindingsproblemer eller en samtidig polyneuropati.,
Case rapporter har knyttet en bred vifte af neurologiske syndromer til slutningen af Lyme sygdom, herunder blindhed , progressive demyeliniserende-lignende syndromer (efterligne Multipel sklerose eller Amyotrofisk lateral sklerose , Guillian-Barre, fremadskridende demenssygdomme, epileptiske anfald , slagtilfælde , og ekstrapyramidale forstyrrelser). Encephalomyelitis er karakteriseret ved spastisk paraparese, ataksi, kognitiv svækkelse, blære dysfunktion og kranial neuropati . Endelig er neonatal død blevet forbundet med Lyme borreliosis baseret på kulturpositive frontale Corte .prøver .