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Sequenzierung des Nittany Lion Genoms / Community Funded

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Unser Projekt

Mountain lions (Puma concolor) war einst in ganz Nordamerika weit verbreitet, aber ihre Reichweite schrumpfte aufgrund der Jagd durch Landwirte zum Schutz von Vieh und Lebensraumfragmentierung dramatisch. Einst üblich in Pennsylvania, sind Berglöwen seit den frühen 1800er Jahren fast nicht mehr vorhanden. Die letzte dokumentierte Beobachtung eines Berglöwen in Pennsylvania war 1874., Es wird angenommen, dass die Bevölkerung im Nordosten der USA seit den 1930er Jahren regional ausgestorben ist; Die letzte aufgezeichnete Sichtung fand 1938 in Maine statt.

Ziel unseres Projekts ist es, mitochondriale DNA-Genome von „Nittany Lions“ – ausgestorbenen Berglöwen aus Pennsylvania und dem Nordosten der USA-mit Hilfe des alten DNA-Labors in Penn State und modernster Genomsequenzierungstechnologie zu sequenzieren und zu analysieren. Mitochondriale DNA oder mtDNA ist DNA, die nur von der Mutter geerbt wird.

Westen der USA mountain lion. Foto mit freundlicher Genehmigung von Karen Arnold.,

Wir haben bereits Hautproben von mehreren taxidermied Mountain Lions aus dieser Region gesammelt oder haben die Erlaubnis, Hautproben zu sammeln, einschließlich der Person, die im Penn State All Sports Museum ausgestellt ist! Wir werden das mtDNA-Genom für jedes Individuum sequenzieren und dann diese Sequenzen mit denen von überlebenden westlichen USA Mountain Lions und Florida Panthers vergleichen, um zu bestimmen, wie diese verschiedenen Populationen verwandt waren.,

Insgesamt hoffen wir, dass die Daten, die wir erhalten, für Erhaltungsbemühungen in Bezug auf überlebende Berglöwenpopulationen von Nutzen sein werden, um das Bewusstsein für Erhaltungs – und Aussterberisiko in der Penn State Community zu schärfen-für die der Nittany Lion unser geliebtes Maskottchen ist!, und um die Beteiligung von Studenten an der Forschung an Penn State hervorzuheben (dieses Projekt wird von Studenten geleitet!).

Bruce Wright, New Brunswick wildlife-Biologe und Autor, mit dem, was geglaubt wird, um die letzten östlichen puma., Der Puma wurde 1938 von Rosarie Morin aus St. Zacharie, Quebec im Somerset County, Maine, gefangen genommen. Montiert, Probe befindet sich im New Brunswick Museum, St. John, New Brunswick (mit freundlicher Genehmigung von USFWS).

Wie Sie helfen können

Sie können uns helfen, dieses Projekt abzuschließen, indem Sie an unsere Crowdfunding-Kampagne spenden. Unser Ziel ist es, $ 12,000 zu sammeln, um die Kosten für Laborbedarf, mtDNA-Sequenzierung und Studentenlöhne zu decken., Wenn es uns gelingt, über dieses Ziel hinauszugehen, werden alle zusätzlichen Mittel für nachfolgende Bemühungen zur Sequenzierung vollständiger Kerngenome (DNA, die sowohl von der Mutter als auch vom Vater geerbt wurden) von Nittany Lions verwendet. Spenden sind steuerlich absetzbar.

Bereiche der westlichen USA Mountain lion (braun, von Texas nach weiter westlich) und Florida Panther (braun, eingeschränkte Reichweite in Florida), und die jüngsten Mountain lion Sichtungen außerhalb dieser Bereiche aufgrund von Migrationen (rote Punkte). Die ursprüngliche Population von Berglöwen in Pennsylvania und im Nordosten der USA ist ausgestorben., Bildquelle: National Geographic. Besuchen Sie die Mountain Lion Foundation und den Felidae Conservation Fund, um weitere Informationen zu den Naturschutzbemühungen für Berglöwen und andere Wildkatzen zu erhalten, und die Wildlife for Everyone Endowment Foundation für Informationen zum Wildschutz in Pennsylvania.

Unser Projektplan

Da Berglöwen so lange regional ausgestorben sind, gilt die DNA aus unseren Proben als „alte DNA“.,“Alte DNA ist sehr zerbrechlich und kann nur in geringen Mengen wiederhergestellt werden, was empfindlichere Techniken erfordert als moderne DNA und ein hochspezialisiertes sauberes Labor für die Verarbeitung, das wir bei Penn State haben.

Wir werden eine hochmoderne „DNA Capture“-Technik verwenden, um speziell Mountain Lion mtDNA-Sequenzen für unsere Analyse anzuvisieren. Nach der DNA-Erfassung werden die Proben mit dem massiv parallelen Sequenzierungsinstrument Illumina HiSeq am Penn State Huck Institutes des Life Sciences Genomics Core Laboratory sequenziert., Dies ist ein ziemlich teurer Prozess, der den größten Teil des Budgets in Anspruch nimmt.

Der Dorman Panther, vermutlich der letzte Berglöwe in Centre County, PA bis zu seinem Tod im Jahr 1856; mit freundlicher Genehmigung des Ecology lab in Science Hall am Albright College.

Der ursprüngliche Löwe von Nittany, der 1856 von Samuel Brush aus dem Susquehanna County getötet wurde; mit freundlicher Genehmigung von Penn State ‚ s All Sports Museum.,

Ein Berglöwe aus Pennsylvania, der in der Lycoming County Historical Society und im Taber Museum in Williamsport ausgestellt ist und möglicherweise in der Nähe des Loyalsock River nördlich von Williamsport erschossen wurde.,

Unser Labor

Wir sind ein interdisziplinäres Forscherteam mit Sitz in den Abteilungen für Anthropologie und Biologie der Penn State University, aber auch Studenten mit den Schwerpunkten Biochemie & Molekularbiologie, Wildlife & Fischereiwissenschaften, Ökologie, Immunologie & Infektionskrankheiten und Statistiken. Unser Labor untersucht evolutionäre Ökologie und Erhaltungsbiologie für viele verschiedene Arten. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Laborwebsite: Anthropological Genomics Laboratory Website.,

Das ancient DNA laboratory in Penn State ist eine spezielle Reinraumeinrichtung, in der wir DNA aus den Skelettresten ausgestorbener Arten oder aus ausgestorbenen Populationen noch überlebender Arten extrahieren und sequenzieren, wobei die gleichen Methoden angewendet werden, mit denen kürzlich die Genome von Neandertalen, Mammuts und anderen ausgestorbenen Arten sequenziert wurden.

Die Laboreinrichtung, in der die alte DNA-Arbeit durchgeführt wird, ist vollständig von anderen DNA-Forschungen isoliert., Wir verwenden jederzeit Reinraumpraktiken, einschließlich der Verwendung persönlicher Ganzkörperschutzausrüstung und eines gerichteten Arbeitsflusses (dh das Personal reist nur vom sauberen Labor zu einem Gebäude, in dem moderne DNA-Arbeiten ausgeführt werden, niemals umgekehrt).

Laufende Projekte im Labor umfassen die genomische Analyse prähistorischer menschlicher Individuen aus Amerika und ausgestorbener Riesenlemuren aus Madagaskar!, Tatsächlich haben wir kürzlich ein Papier über die mtDNA-Genomsequenzen mehrerer ausgestorbener Lemurenarten veröffentlicht, einschließlich Populationen zweier Arten, mit Methoden, die mit denen identisch sind, mit denen wir die Nittany Lion Genome sequenzieren werden:Veröffentlicht subfossil lemur ancient DNA paper.

Danke!

Wir sind sehr dankbar für Ihr Interesse an unserem Projekt und Ihre Unterstützung. Jede Größe Spende ist hilfreich und geschätzt! Alle Personen, die $100 oder mehr spenden, werden eingeladen, an einem Vortrag über alte DNA-Forschung im Penn State einschließlich des Nittany Lion Project teilzunehmen und unser Team kennenzulernen., Personen, die $500 oder mehr spenden, werden auch in den Anerkennungen der wissenschaftlichen Arbeit, die wir basierend auf dieser Arbeit veröffentlichen, namentlich erwähnt! Diese Wertmarken haben keinen monetären Wert und haben keinen Einfluss auf den steuerlich absetzbaren Status Ihrer Spende.

Alle zusätzlichen Mittel, die über unser Ziel hinaus gesammelt werden, werden für nachfolgende Bemühungen verwendet, um die vollständigen Kerngenome von Nittany Lions, der nächsten Phase unseres Projekts, zu sequenzieren. Das Kerngenom ist viel größer als das mtDNA-Genom und enthält genetisches Material, das sowohl von der Mutter als auch vom Vater geerbt wurde., Informationen aus der ersten Phase des Projekts sind notwendig, um das Budget für die nukleare Genomsequenzierung zu schätzen, aber dies wird wahrscheinlich $50,000 oder mehr kosten.

nicht vergessen…

Überprüfen Sie mit Ihrem Arbeitgeber, um zu sehen, ob Sie übereinstimmen Wohltätigkeit. Ihre Unterstützung unserer Kampagne ist ein steuerlich absetzbares Geschenk. Gehen Sie hier, um zu sehen, ob Ihr Unternehmen Beiträge übereinstimmt. Dann, Lassen Sie unser Team das Spielverhältnis und Ihren Spendenbetrag wissen, nachdem Sie Ihre Spende abgeschlossen haben, und wir werden Ihr Geschenk und unsere Kampagne insgesamt aktualisieren.

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